Co-Catedrala Sf. Ioan (St. John’s Co-Cathedral) este situată în centrul capitalei Maltei, Valletta. După ce cavalerii Ordinului Sf. Ioan au format orașul, Marele Maestru Jean l’Evesque de la Cassière, dorind să mute sediul ordinului de la Biserica Sf. Laurențiu din Birgu (Vittoriosa) în Valletta, a comandat construirea Bisericii conventuale Sf. Ioan  (1573-1578), pe care a dedicat-o Sf. Ioan Botezătorul.

Clădirea a fost executată de un arhitect maltez, în stil manierist, cu fațada mărginită de 2 turnuri-clopotniță mari, poarta de intrare flancată de coloane dorice, create pentru a susține un balcon deschis, din care Marele Maestru se adresa publicului în cadrul unor evenimente importante. Interiorul a fost creat sobru și sacristia terminată în 1604.  

După ce s-a alătural Ordinului de Malta (1660), devenind Mare Maestru, cavalerul spaniol al Aragonului Rafael Cotoner y de Oleza a dorit să înfrumusețeze interiorul bisericii, în stilul celor italiene. La comanda sa interiorul a fost creat în stil baroc, cu numeroase sculpturi, pereții, tavanul și altarele laterale pictate cu scene din viața Sf. Ioan Botezătorul. 

În 1666 a început amenajarea altarului principal. Pentru a prelucra piese, necesare la formarea unui grup statuar, sculptorul Cafà a mers la Roma unde, într-o turnătorie, s-a accidentat mortal.

Lucrările la altar au fost reluate abia în 1703, când singurul elev al sculptorului a terminat grupul de statui din marmură, numit Botezul lui Hristos.

În biserică au fost amenajate 9 capele, din care 8 dedicate sfinților patroni ai fiecăreia dintre cele opt limbi ale ordinului, în care au fost înmormântați Mari Maeștri ai Ordinului.

Pe latura de sud se află:

Capela Maicii Domnului Philermos, numită și Capela Sfântului Sacrament, în care inițial s-a așezat icoana Maicii Domnului din Philermos, care a fost în posesia Ordinului încă de la cruciade. Sub ocupația franceză, ordinul fiind  expulzat (1798), icoana a fost dusă în Rusia. Azi se află în Muzeul Național al Muntenegrului.

Capela Limbii Auvergne-  Sf. Sebastian, decorată cu un tablou care arată martiriul sfântului. În ea se află monumentul funerar al celui de al 59-lea Mare Maestru.

Capela Limbii Aragonului- Sf. Gheorghe, al cărei tablou îl arată pe sfânt călare. În ea au fost înmormântați 4 Mari Maeștri.

Capela Limbii Castiliei, Leonului și Portugaliei- Sf. Iacob, cu un tablou reprezentându-l pe sfânt. În ea se află mormintele a 2  Mari Maeștri.

Pe latura de nord se află:

Capela Limbii Anglo-Bavariane sau Capela Moaștelor Sf. Carol Borromeo- cu un tablou care  înfățișează pe sfânt prezentându-se Fecioarei Maria. În capelă au existat multe relicve, adunate de Ordin în decursul timpului, care au fost aruncate de francezi, după cucerirea Maltei (1798).

Capela Limbii Provence- Sf. Arh. Mihail, cu un tablou înfățișându-l pe Arhanghel în fruntea oștilor lui Dumnezeu, luptând împotriva Satanei. În ea se află mormintele a 2 Mari Maeștri.

Capela Limbii Franței- Sf Pavel, cu tabloul „Convertirea Sfântului Pavel în drumul către Damasc”, ale cărei părți laterale au fost redecorate la sfârșitul anilor 1830. În ea au fost înmormântați 2 Mari Maeștri,1 marchiz și 1 conte.

Capela Limbii Italiei- Imaculata Concepție și Sf. Ecaterina din Alexandria, cu tabloul „Căsătoria mistică a Sf. Ecaterina”. În ea se află mormântului unui Mare Maestru. 

Capela Limbii Germaniei- dedicată Bobotezei, inițial a Limbii Angliei și după Reforma engleză (sec. XVI), dată germanilor, decorată cu tabloul „Adorarea Magilor”. 

În decursul timpului sub podeaua din marmură au fost îngropați cca. 400 de cavaleri și ofițeri ai Ordinului.

Fiecare mormânt a primit propriul decor, steme, inscripții, descrierea faptelor de luptă, etc., mie creându-mi o oarecare jenă de a păși pe ele.

Cavalerii mai importanți erau așezați mai aproape de altarul principal. 

Morminte ale Marilor Maeștri au fost postate și în cripta bisericii.

Oratoriul a fost decorat cu picturi, două executate de Caravaggio în perioada 1607-1608, „Tăierea Capului Sf. Ioan Botezătorul” (1608), singurul tablou pe care pictorul s-a semnat, restaurat la Florența în anii 1990 și „Scrisul Sf. Ieronim”.

După ce Ordinul a fost expulzat de francezi, Malta a intrat sub Protectorat Britanic. Episcopului Maltei, care slujea în Catedrala Arhiepiscopală din Mdina, i s-a permis să folosească și Biserica Sf. Ioan, aceasta fiind ridicată la rangul de Co-Catedrală.

La mijlocul secolului XIX o parte din arta barocă și altarul Capelei Limbii Franței, foarte decorat, au fost îndepărtate de Giuseppe Hyzler, lider al mișcării nazarene în artă. Izbucnind cel de Al Doilea Război Mondial, cele mai importante opere de artă au fost mutate din biserică. Având noroc, în bombardamente din 1941 clădirea a suferit avarii minore. 

Catedrala a fost restaurată în anii 1980, 1990, apoi a fost creată o fundație care să se ocupe de conservarea ei.

În decursul timpului, pe bucăți, până în 2017 întreaga catedrală a fost restaurată și renovată. Ea face parte din Patrimoniul Cultural al Maltei.